Na základě usnesení Vlády České republiky ze dne 8. října 2020 č. 994, o přijetí krizového opatření se dnem 12. října 2020 stanoví úřední hodiny Krajského úřadu Jihočeského kraje v týdnu takto:
pondělí 8–13 hodin
středa 11–16 hodin
Krajský úřad podle citovaného usnesení vlády zahajuje provoz s omezením osobního kontaktu zaměstnanců s adresáty veřejné správy a dalšími externími osobami na nezbytně nutnou úroveň. Omezení spočívá především v nahrazení osobního kontaktu písemným, elektronickým či telefonickým kontaktem ve všech případech, kdy je to možné. Dále pak příjmem veškerých dokumentů od veřejnosti pouze prostřednictvím pracoviště podatelny; vždy kdy je to možné, se upřednostní elektronická komunikace.
Na recepcích budov krajského úřadu jsou provedena organizační opatření zabraňující přímému kontaktu osob; jednání se provádí za zvýšených hygienických opatření. Toto rozhodnutí je účinné do dne 25. října 2020, jak určila vláda České republiky.